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    • inclure le chargement des "library" nécessaires
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Comment fabriquer une formule à partir d’une chaine de caractères? : as.formula()

0
dans fonctions utiles
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la fonction as.formula permet de fabriquer une formule à partir d ‘une chaine de caractères
data(iris)
chaine<-paste0(names(iris)[1],
" ~ ",paste(names(iris)[-1],collapse=" + "))
as.formula(chaine)
lm(as.formula(chaine),data=iris)
 
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Formation au logiciel R

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dans
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Formation au logiciel R


Afin de progresser et de maîtriser au mieux le logiciel R nous vous proposons des formations au logiciel R . Il peut s’agir de formation plutôt orientée statistique, de formation en programmation R ou spécifique aux problématique du big-data avec R.

  Débutant ou confirmé, contactez-nous afin d’élaborer avec nous un programme de formation au logiciel R qui correspond à vos besoins, et a votre niveau. Il s’agit de formation sur mesure, généralement dans vos locaux, possiblement partout en France. Nous utilisons vos problématiques afin d’élaborer une session de formation R sur mesure.

  Nous sommes joignables au 06.23.83.10.61 ou via le formulaire ci dessous.

 

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Comment passer d’un format Wide à un format Long pour un data.frame ? : melt

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dans fonctions utiles, Transformation de données
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La fonction melt(), qui fait partie du package reshape2, permet de modifier le format des données en fonction d’une ou plusieurs variables de référence (id). Ces variables correspondent en général aux variables qualitatives du data.frame.

 
library(reshape2) # On charge le package reshape2
airquality
aqm <- melt(airquality, id=c("Month", "Day"), na.rm=TRUE)  
 aqm  
 
 

Proposé par Helene F.

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Comment passer d’un format Wide à un format Long pour un data.frame ? : reshape

0
dans manipulation de données, Transformation de données
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La fonction reshape() permet de modifier le format des données en fonction de la variable qu’on associe au paramètre « direction ».

 
df <- data.frame(id = rep(1:4, rep(2,4)),
                 visit = I(rep(c("Before","After"), 4)),
                 x = rnorm(4), y = runif(4))
df # df est un data.frame de dimension 8 X 4 avec des répétitions
 
# On simplifie le tableau en enlevant les répétitions
df2=reshape(df, timevar = "visit", idvar = "id", direction = "wide")
 
# Le paramètre « direction » associé à la valeur « long » permet de récupérer le format original des données.
reshape(df2, timevar = "visit", idvar = "id", direction = "long")
 
 

Proposé par Helene F.

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Comment utiliser la parallélisation des calculs avec R ?: foreach

2
dans algorithmique, fonctions utiles, programmer avec R
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la parallélisation des calculs, permet d’exploiter au maximum les capacité calculatoire de votre ordinateur en utilisant tous les core de votre machine ( dual core , quad core …)
Cette facpon de proceder est rentable si le calcul que vous voulez faire prend plus de temps que le fait de mettre en place la parallélisation

 
library(foreach)
library(doSNOW)
getDoParWorkers()
registerDoSNOW(makeCluster(4, type = "SOCK"))# 2 , 4 ou plus en fonction de votre machine
getDoParWorkers()
N <- 10^4
system.time(foreach(i = 1:N,.combine = "cbind") %do% {sum(rnorm(N))})
system.time(foreach(i = 1:N,.combine = "cbind") %dopar% {sum(rnorm(N))})
 
 

Proposé par Vincent.

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Comment transformer un objet R en ligne de code que vous pouvez taper dans une console ? dput

0
dans fonctions utiles, manipulation de données
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Afin de tranferer un jeu de données, une liste et à peu pret n’importe quel type d’objet sans devoir envoyer un fichier (csv, Rdata …) vous pouvez utiliser la fonction dput, qui vous donnera la transcription en ligne de code de votre objet.
 
 
test<-structure(list(Sepal.Length = c(4.7, 4.9, 6.9, 6.3, 6.4, 7.7, 5.1, 5.4, 5.4, 6.3), Species = structure(c(1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L), .Label = c("setosa", "versicolor", "virginica"), class = "factor")), .Names = c("Sepal.Length", "Species"), row.names = c(30L, 38L, 140L, 147L, 116L, 119L, 40L, 32L, 17L, 88L), class = "data.frame")
 
dput(test)
dput(iris)
dput(summary(lm(1~1)))
 
 
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Comment récuperer la liste des arguments demandés par une fonction ? formals

0
dans fonctions utiles
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Pour se remémorer les parametres attendu d’une fonction (ou les réutiliser) on peut utiliser la fonction formals


 
formals(plot)
formals(ls)
 
 

Proposé par Vincent.

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Comment rajouter une colonne à partir de colonne deja existante dans un jeu de donnée? : transform

1
dans manipulation de données
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la fonction transform permet de contruire une nouvelle colonne et de la rajouter a un jeu de donnée.

 
 transform(iris,Sepal.surface=Sepal.Length * Sepal.Width) 
 

Proposé par Vincent.

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Nouveau formulaire

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dans
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Le Formulaire 3 n'existe pas.
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Comment tester la conformité à une loi avec le test de Kolmogorov-Smirnov ?

2
dans Test
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Le test de Kolmogorov-Smirnov est un test d’hypothèse utilisé pour décider si un échantillon suit une loi de probabilité donnée ou si deux échantillons suivent la même loi.

Sous R on peut réaliser ce test avec la fonction ks.test()

 
 
#on crée des échantillons
 
a<-rnorm(100,mean=0,sd=1)
 
b<-rgamma(100,shape=1,rate=0.8)
 
c<-rnorm(50,mean=0,sd=1)
 
#a et b proviennent-ils de la même loi?
 
ks.test(a,b)#p=7.5e-11 on rejette l'hypothèse nulle
 
#a et c?
 
ks.test(a,c)#p=0.35 on accepte l'hypothèse nulle
 
#a provient-il d'une loi gamma avec 3 comme paramètre de forme et 2 pour le taux?
 
ks.test(a,"pgamma",3,2)#p value très faible on rejette l'hypothèse
 
#a provient-il d'une loi normale?
 
ks.test(a,"pnorm")#p=0.13 on accepte l'hypothèse
 
 
 


Comme pour tous les tests, faites bien attention à ce que veut réellement dire ce test, prenez du recul sur la notion de p-value et ne basez pas vos analyses sur ce test seul !!!

Proposé par Melen.

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