1. Grâce à ce formulaire vous pouvez proposer une astuce ou un script sur R.
  2. Votre script doit pouvoir être lancé en l'état. Veuillez penser à :
    • inclure le chargement des "library" nécessaires
    • construire un petit jeu de données si besoin est.
    • commenter les lignes de codes pour en faciliter la compréhension.
  3. Le titre de votre script ou astuce doit être clair et explicite.
  4. Pensez à mettre votre code entre les balises [R] et [/R]; Pour cela, vous pouvez utiliser le bouton

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Comment charger les packages du tidyverse ?

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dans fonctions utiles, tidyverse
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Le tidyverse fait référence à l’ensemble des packages qui partagent la philosophie « tidy », et qui ont été pensés pour fonctionner les uns avec les autres.

Pour installer la version stable depuis le CRAN :

install.packages("tidyverse")

Quant à la version en développement, vous pouvez l’installer avec : 

devtools::install_github("hadley/tidyverse")

Ensuite, vous pouvez charger les différents packages, en utilisant la méthode classique :

library("tidyverse")

Pour la petite histoire, le tidyverse s’appelait autrefois le hadleyverse ! Plus d’infos : Bienvenue dans le tidyverse (http://www.thinkr.fr/tidyverse-hadleyverse/).  

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Comment installer un package R depuis Github ? : install_github()

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dans fonctions utiles
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Vous avez trouvé un package qui vous plait sur Github ? Pour l’installer sur votre machine, vous aurez besoin du package devtools.

install.packages("devtools")

Ensuite, direction install_github(). Cette fonction prend un argument principale : entre guillemets, « username/repo ».

library("devtools")
install_github("ThinkRstat/prenoms")

Vous pouvez également utiliser : 

devtools::install_github("ThinkRstat/prenoms")

C’est d’ailleurs ce raccourci que vous trouverez dans la plupart des README sur GitHub !

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Comment installer un package sur R ? : install.packages, library

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dans base indispensable, fonctions utiles
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La fonction install.packages() permet de télécharger des packages et de les installer sur l’ordinateur (On ne fait cela qu’une fois). La fonction library() permet ensuite de charger le package et de rendre les fonctionnalités de celui-ci disponibles (Il faut faire cela à chaque fois que l’on ouvre R).

 
install.packages("lubridate")    #On télécharge le packages "lubridate" et on l'installe
library(lubridate)                  #On charge ce package et on rend les fonctionnalités de celui-ci disponibles 
 
 

Proposé par Helene F.

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Comment mettre à jours tous ses packages R ?

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dans configuration de R
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Au bout d’un moment nous avons tous plusieurs packages installés dans R. les packages ont une vie et connaissent des mises à jour de temps. Pour installer ces mises à jour en ligne de commande il existe une fonction qui fait ca tres bien :

 
update.packages(ask = F)
 


trés pratique si on a plusieurs postes à gerer, en particulier à distance.

Proposé par Vincent.

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Comment obtenir de l’aide dans R ? : rechercher des aides, packages, fonctions

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dans base indispensable
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find(nom_fonction) # renvoie le nom du package dans lequel se trouve la fonction
apropos(nom_fonction) # renvoie un vecteur de caractères avec le nom de toutes les fonctions en lien avec la première
demo(graphics)# propose une démonstration de l'utilisation des graphiques avec les codes et les graphiques associés. A la place de graphics on peut également écrire persp, plotmath...
objects(grep("library",search())) # liste toutes les fonctions présentes dans la librairie

Proposé par Amélie.

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Comment rechercher des aides/fonctions/packages dans R ?

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dans base indispensable
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Devant les importantes possibilités de R, il est possible et utile de lancer certaines recherches en ligne de commande pour trouver des fonctions ou des paquets associés.
(NB : une connexion internet est requise)

Tout d’abord, pour obtenir l’aide (en anglais) d’une fonction, il y a 2 possibilités :
 
help(LaFonction) #LaFonction = le nom de la fonction
#ou
?LaFonction
 
#Exemple avec la fonction matrix() qui permet de créer une matrice
?matrix
 



Si R vous renvoie un message d’erreur disant que « LaFonction » n’existe pas, c’est que :

- soit elle n’existe effectivement pas ! Dans ce cas, vous pouvez essayer de rechercher une fonction qui permet ce que vous voulez via la ligne de commande :
 
RSiteSearch("keywords", restrict="functions") #ne pas oublier les guillemets
 

Cette fonction va rechercher toutes les fonctions R selon les mots clés donnés (attention il est conseillé de faire la recherche en anglais afin d’avoir plus de résultats).
Essayer de lancer par example :
 
 RSiteSearch("linear model", restrict="functions") 
 

Vous obtiendrez toutes les fonctions en rapport avec les mots clés : linear+model


- soit LaFonction existe mais vous ne savez plus dans quel paquet elle se trouve. Dans ce cas, lancez la commande:
 
 help.search("LaFonction") #ne pas oublier les guillemets
 

Cette fonction donne une liste de fonctions en rapport avec le nom LaFonction et les paquets associés que vous pouvez installer et/ou charger sous la forme :
paquet1::fonction1  description de la fonction1
paquet1::fonction2  description de la fonction2
…..
Essayez par exemple :
 
 help.search("matrix")
 


Proposé par Benjamin.

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Comment installer un Package R en ligne de commande ?

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dans configuration de R
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 install.packages("NomDuPackage")

Cette commande va télécharger et installer automatiquement le package NomDuPackage sur votre système.  

Proposé par Vincent.

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Comment sélectionner des colonnes qui commencent par une suite de caractères ? select( starts_with())

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dans manipulation de données, tidyverse
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Vous avez besoin de sélectionner des colonnes en fonction de leur nom ? Faites appel à select, fonction du package dplyr. Vous trouvez laborieux de taper à la main l’ensemble des noms des colonnes que vous souhaitez ? Il y a un paramètre pour ça !

Si vos noms de colonnes suivent un pattern défini, vous pouvez les sélectionner avec starts_with().

library(dplyr)
data("who")
select(who, starts_with("newrel"))

À noter que vous pouvez également utiliser ends_with(), matches() ou encore contains().

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Comment sélectionner des lignes par leur index ? slice()

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dans manipulation de données, tidyverse
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Pour sélectionner une série de lignes d’un tableau par leur index, faites appel à la fonction slice() du package dplyr !

Comme tous ses cousins du tidyverse, slice() prend en premier argument le nom du tableau à transformer. Ensuite, vous pouvez sélectionner vos lignes par leur index, avec un vecteur numérique.

library(dplyr)
data("presidential")
slice(presidential, 1:25)
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Comment joindre plusieurs colonnes en une ? unite()

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dans tidyverse, Transformation de données
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Si vous souhaitez unifier plusieurs colonnes en une seule, faites appel à la fonction unite(), issue du package tidyr.

Cette fonction prends en premier argument le nom de l’objet contenant le tableau, la colonne cible, les colonnes à lier, puis un éventuel séparateur. Notez que le séparateur de base est « _ ».

data("msleep")
library(tidyr)
unite(msleep, genusvore, genus, vore, sep = "-")
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