1. Grâce à ce formulaire vous pouvez proposer une astuce ou un script sur R.
  2. Votre script doit pouvoir être lancé en l'état. Veuillez penser à :
    • inclure le chargement des "library" nécessaires
    • construire un petit jeu de données si besoin est.
    • commenter les lignes de codes pour en faciliter la compréhension.
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  • modélisation
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  • optimisation
  • planification
  • programmer avec R
  • regression linéaire
  • Test
  • Transformation de données


Livres sur R:

En français

Gaël Millot, Comprendre et réaliser les tests statistiques à l’aide de R : Manuel de biostatistique

Un excellent aide mémoire pour les utilisateurs averti et un magnifique tutorial pour les débutants. livre volumineux (taille d’un annuaire), à avoir sur sa table de chevet

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Pierre-André Cornillon et autres, Statistiques avec R, Presses Universitaires de Rennes

Un livre de base sur le langage R. Les auteurs présentent comment effectuer certaines analyses de base : régression, ACM, analyse de variance. Un livre idéal pour débuter.

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En anglais:

Michael J. Crawley, The R Book, Wiley:

Un livre très volumineux avec beaucoup de choses. Crawley passe rapidement en revue de nombreuses méthodes statistiques (glm, spatial, survie). Les codes sont souvent basés sur de la programmation basique. Bref un livre à avoir pour s’initier à certaines méthodes statistiques et pour récupérer du code.

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Benjamin M. Bolker ; Ecological Models and Data in R, Princeton University Press:

C’est LE LIVRE qu’il faut avoir quand on fait de la modélisation en écologie et qu’on utilise R. Idéal pour ceux qui veulent s’initier à la modélisation et à l’inférence statistique avec R et Winbugs. N’hésitez pas à consulter le site internet de Benjamin Bolker qui met beaucoup de choses à disposition de qui veut bien (même une version presque complète de son livre en pdf…)

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Darren J. Wilkinson, Stochastic Modelling for System Biology, Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology Series:

Très bon livre pour s’initier à la modélisation stochastique. Wilkinson prend beaucoup d’exemples de chimie/biochimie et il est plus facile de rentrer dans le livre quand vous avez des bases de cinétique. De nombreux algorithmes utilisés pour la modélisation stochastique sont présentés et l’auteur a ajouté au livre de nombreuses lignes de code R qui sont les bienvenues…

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Roger S. Bivand, Edzer J. Pebesma, Virgilio Gomez-Rubio, Applied Spatial Data Analysis with R, Springer

Livre très complet sur les géostatistiques avec R. Parfois difficile à lire c’est un livre qui reste tout à fait intéressant quand on se met au spatial.

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Ressources francophones

 

Les ressources en français sont plutôt rares. R est le produit d’un travail collaboratif, intimement lié à la recherche, et un langage de programmation. L’anglais, langue de prédilection pour la communication scientifique et technique, est donc la langue de choix pour tout ce qui touche à R.

Cependant, c’est parfois un obstacle supplémentaire lors de la découverte de R et de son langage de programmation. Comme ce site, ces ressources permettent une plus large diffusion de R auprès d’un public francophone.

 

Spécial débutant

Le tutoriel R du site du zéro, idéal pour s’initier à la programmation R : Site du zéro

R pour les statophobes de Denis Poinsot (Université de Rennes I) : R pour les statophobes

R pour les débutants d’Emmanuel Paradis : R pour les débutants

Ensemble de scripts et de cours mis à disposition par Hubert Raymondaud, beaucoup de points abordés (la fonction plot,dérive génétique, Wilcoxon…) : http://abcdr.guyader.pro/doc/

 

Cours avancés et aides mémoires

Un site qui date un peu mais qui propose de débuter tout doucement: www.pallier.org/ressources/tpr/tpR.html

Un site sur l’enseignement en biostatistique de l’Université de Lyon1 avec beaucoup de
documents disponibles :http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignement.html

Un pdf/aide mémoire quasi exhaustif http://cran.r-project.org/doc/contrib/Herve-Aide-memoire-statistique.pdf

Site de Daniel Herlemont : Économétrie des Marchés financiers avec R : http://www.yats.com/doc/r-trading-projet-index.html

Un aide-mémoire très bien fait : www.duclert.org

Autre aide mémoire, très complet : http://zoonek2.free.fr/UNIX/48_R_2004/all.html

Aide mémoire homonyme : http://jerome-mathieu.com/pdf/tutoriels/abcdR.pdf

Aide mémoire hyper complet : http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kauffmann_aide_memoire_R.pdf

Des supports de formation aux statistiques appliquées : rstat.ouvaton.org

Le forum du Cirad où l’on peut poser ses questions et… répondre à celles des autres: forums.cirad.fr/logiciel-R

 

 

 

 

 

Ressources anglophones

 

Il est certains sites dont il serait vraiment dommage de se passer. Inutile d’être bilingue pour copier et coller des morceaux de code, que diable!

Le site officiel : http://www.r-project.org/

Cliquez sur un graphique qui ressemble à ce que vous voulez faire pour voir le code… R Graph Gallery

Un blog d’actualités sur R, par l’équipe de Revolution Analytics : blog.revolutionanalytics.com/r

En anglais, il y a PLEIN de ressources : www.r-bloggers.com

Un site avec des morceaux de code dedans, très appliqué et très pointu : rtricks.wordpress.com

L’aide mémoire ultime : http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf

 

 

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