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Comment obtenir l’estimateur de Kaplan-Meier pour une analyse de survie avec R ?

4
dans Analyse de survie
L’estimateur de Kaplan-Meier donne la fonction de survie non paramétrique.
Pour l’obtenir sous R on peut utiliser le package survival.

On se place ici dans un cas très simple où il n’y a ni censure ni troncature.
Pour bien comprendre le code, je vous conseille vivement de regarder la documentation du package en question!!


 
 
 #survival analysis
 
ls()
rm(list=ls())
 
library(survival)
 
#on crée un jeu de données correspondant à des durées (étudiées dans l'analyse de survie)
 
 z<-c(14,14,14,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,20,23)
d<-data.frame(delay=z)
 
#on crée une colonne status, ici tous les individus sont "morts" pendant l'expérience 
# mort au sens de l'analyse de survie
 
 d$status<-1 
 
 s<-survfit(Surv(d$delay,d$status)~1)
plot(s,main="survival function")
 
 
 

Proposé par Melen.

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4 Comments

  1. Posté le 27 mars 2013 a 12 h 13 min | Permalink

    je veux les commande sur R des estimateurs de Nelson-Aalen et de Kaplan-Meier

  2. admin
    Posté le 27 mars 2013 a 12 h 17 min | Permalink

    un petit bonjour, et un point d’interrogation sur ce qui semble etre une question… à moins que ce ne soit un ordre?
    Et éventuellement vous aurez une réponse autre que RTFM…

  3. GASSAMA
    Posté le 13 novembre 2013 a 15 h 21 min | Permalink

    Bonjour,j’ai vraiment du mal à coder des expressions que je rencontre souvent sous R par exemple l’expression des résidus martingales avec l’estimateur de Kaplan Meier. Avez-vous déjà rencontrer ce genre de problème? Merci d’avance

  4. Posté le 17 mars 2014 a 23 h 34 min | Permalink

    Bonsoir,J’ai un problème de simulation et j’ai besoin un person maitrisé bien le logiciel R. Le problème: comment créer la fonction d’indicatrice de censure.                           Z[i]=min(X[i],Y[i])     d[i]=1I{X[i]<=Y[i]}d: est l’indicateur de censure

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