1. Grâce à ce formulaire vous pouvez proposer une astuce ou un script sur R.
  2. Votre script doit pouvoir être lancé en l'état. Veuillez penser à :
    • inclure le chargement des "library" nécessaires
    • construire un petit jeu de données si besoin est.
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  3. Le titre de votre script ou astuce doit être clair et explicite.
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  • Test
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Comment tracer les barres d’erreur sur un barplot (histogramme) à 2 facteurs avec R

1
dans graphique
Considérons un exemple
la masse des larves de papillons varie avec la température et de la nourriture (plante)
Pour tracer un barplot avec les barres d’erreur de ces deux facteurs :

 
 
 
attach(data)
mean.mass<-tapply(mass,list(T,H),mean)       # calcul de la moyenne pour chaque groupe 
 
sd<-tapply(mass,list(T,H),sd)                         # ou T est le facteur Température et H le facteur plante
length<-tapply(DTp,list(T,H),length)
sqrt<-sqrt(length)
length<-as.numeric(length)
se<-sd/sqrt                                                   #calcul de l'erreur standard pour chaque groupe
 
 
graphemass<-barplot(mean.mass,beside=TRUE,density=c(0,30),col=1,ylim=c(0,15.2),font=3,ylab="masse (mg)",)
library(nmle)                                                #nécessaire pour appeler la fonction "segments" 
segments(graphemass, mean.mass -se,graphemass, mean.mass +se)       
segments(graphemass-0.1, mean.mass -se,graphemass+0.1, mean.mass -se)
segments(graphemass-0.1, mean.mass +se,graphemass+0.1, mean.mass +se)]
 






Proposé par hélène.

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Un commentaire

  1. Stan
    Posté le 19 mai 2013 a 11 h 19 min | Permalink

    On peut aussi tout simplement utiliser la fonction ‘arrows’, ça permet d’économiser une ligne de code !
    C’est le paramètre ‘angle’ qui permet de donner à la flèche une allure de barre d’erreur…

     
     data(iris)
    x=tapply(iris$Petal.Length,iris$Species,mean)  #moyennes
    se=tapply(iris$Petal.Length,iris$Species,sd)/sqrt(tapply(iris$Petal.Length,iris$Species,length))  #erreurs standard
     
    barplot(x,space=c(0,0.5,0.5),xlab="Espèces de fleurs",ylab="Longueur des pétales (cm)",ylim=c(0,6),las=1)
    arrows(c(0.5,2,3.5),x,c(0.5,2,3.5),x+se,angle=90,length=0.05)
    arrows(c(0.5,2,3.5),x,c(0.5,2,3.5),x-se,angle=90,length=0.05) 
     

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